Pasi penguan planin e mëparshëm të Bowser për t’u martuar me Princess Peach, Mario dhe Luigi përballen tani me një kërcënim të ri nga Bowser Jr., i cili është i vendosur të çlirojë të atin nga robëria dhe të rikthejë lavdinë e familjes. Së bashku me miq të rinj dhe të vjetër, vëllezërit udhëtojnë mes yjeve për të ndalur kryqëzatën e trashëgimtarit të ri.
